Regulasi ekspresi gen merupakan mekanisme yang memungkinkan sel mengontrol kapan, di mana, dan seberapa banyak suatu gen diekspresikan menjadi produk fungsional. Pada prokariot, regulasi terutama terjadi di tingkat transkripsi melalui sistem . Model lac pada menggambarkan bagaimana kelompok gen struktural dikendalikan oleh satu promotor dan operator yang sama.
lac bersifat inducible: dalam keadaan tanpa laktosa, protein represor mengikat operator dan menghambat transkripsi. Ketika laktosa hadir, allolaktosa (isomer laktosa) berikatan dengan represor sehingga mengubah konformasinya dan melepaskannya dari operator, memungkinkan RNA polimerase mentranskripsi gen-gen yang mengkode enzim pemecah laktosa. Regulasi positif oleh CAP-cAMP menambah lapisan kontrol tergantung ketersediaan glukosa.
Pada eukariot, regulasi gen jauh lebih kompleks dan berlangsung di berbagai level. Modifikasi epigenetik seperti metilasi DNA dan asetilasi histon mengubah aksesibilitas kromatin tanpa mengubah sekuens DNA. Faktor transkripsi spesifik berikatan dengan enhancer dan silencer yang dapat terletak ribuan pasang basa dari promotor. Pemrosesan pasca-transkripsi termasuk alternative splicing, dan regulasi pasca-translasi melalui fosforilasi dan ubiquitinasi, memberikan kontrol presisi terhadap ekspresi gen dalam jaringan dan tahap perkembangan yang berbeda.